R软件作图命令汇总

setwd( )：设定R软件当前工作目录。

getwd( )：查看R软件当前工作目录。

list.files( ): 查看当前目录下文件。

file.show( ): 显示文件。

file.access( ): 查看文件是否可读可写。

file.create( ): 创建一个文件。例如：file.create(“D:/lesong.xls”). dir.create( ): 创建一个目录。例如：dir.create(D:/lesong).

file.remove( ):删除一个文件。

File.choose( ):选择一个文件。

读数据函数read.table( )主要参数解释：

read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = """",

dec = ".", http://www.wendangku.net/doc/cec0a62258fb770bf78a5591.htmls, http://www.wendangku.net/doc/cec0a62258fb770bf78a5591.htmls,

as.is = !stringsAsFactors,

na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1,

skip = 0, http://www.wendangku.net/doc/cec0a62258fb770bf78a5591.htmls = TRUE, fill = !blank.lines.skip, strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE,

comment.char = "#",

allowEscapes = FALSE, flush = FALSE,

stringsAsFactors = default.stringsAsFactors(), fileEncoding = "", encoding = "unknown") header:逻辑参数。指定是否文件第一行为变量名。

na.strings:指定缺失文字。

skip:指定读数据跳过的行数。

nrows:指定数据读入最大的行数。

dec：指定小数点记号。

sep：指定数据分割字符。

http://www.wendangku.net/doc/cec0a62258fb770bf78a5591.htmls与http://www.wendangku.net/doc/cec0a62258fb770bf78a5591.htmls:赋予数据行名和列名。

读入数据其他相关函数：

readLines():按行读入数据文件。类似perl读数据方式。

scan( ):将数据读作一行向量形式。

read.delim("educ_scores.txt"):读入文本文件(制表符分隔)。read.csv("educ_scores1.csv")：读入CSV(逗号分割)。

readBin( ):读入二进制数据。

readChar( ):读入字符型数据。

attach( ): 把数据框的变量链接到内存中.

一般作图函数plot（）主要参数解释：

plot(x, y = NULL, type = "p", xlim = NULL, ylim = NULL,

log = "", main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, ann = par("ann"), axes = TRUE, frame.plot = axes,

panel.first = NULL, http://www.wendangku.net/doc/cec0a62258fb770bf78a5591.htmlst = NULL, asp = NA, ...)

type:设置图形类型。具体为：

type=“p“点图

type=“l“线图

type=“b“点和线

type=“c“去掉点只有线段

type=“o“线穿过点

type=“h“从各点到x轴的垂线段

type=“s“基于左侧值的阶段图

type=“S“基于右侧值的阶段图

type=“n“只有轴，没有具体图形

xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。比如xlim(0,30).

log：数据取对数。

main:设置图形的上标题。比如说：main=”Genomics analysis”

sub: 设置图形的小标题。比如说：sub=”another title”.

ann: 逻辑参数。设置是否将系统默认的图形标签显示出来。比如：ann=F. lty: 设置线的类型。比如：lty=4.

xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。比如xlab=”sample one”. frame.plot:逻辑参数。设置图形是否输出外框。比如：frame.plot=F. axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴和y轴。比如：axes=F.

asp:设置图形屏幕高宽比（y/x）.

lwd:设置线条的粗细。比如：lwd=4.

bg:设置数据点的填充颜色。比如：bg=”pink”.

col:设置数据点的外圈颜色。比如：col=”blue”.

cex:设置数据点的大小。比如：cex=2.7。

pch:设置数据点的形状。具体为：

?pch=19: solid circle,

?pch=20: bullet (smaller solid circle, 2/3 the size of 19), ?pch=21: filled circle,

?pch=22: filled square,

?pch=23: filled diamond,

?pch=24: filled triangle point-up,

?pch=25: filled triangle point down.

add：逻辑参数。设置图形是否重合。

font.main与font.sub：设置上标题和小标题的字体格式。

col.main与col.sub :设置上标题和小标题的字体颜色。

实例演习：

使用给定数据（testfile.txt）用R软件作出以下图形并保存为PDF格式和jpg格式。

参考程序：

setwd("E:/")

file=read.table("testfile.txt")

attach(file)

jpeg(file="plot one.jpg")

plot(V1,V2,type="l",xlim=c(30,75),frame.plot=F,lwd=2,

xlab="横坐标 ",ylab="纵坐标" ,main="PLOT ONE",sub="2010/3/12", col="pink",font.main=9,col.main=4,font.sub=9,col.sub="red")

dev.off()

pdf(file="plot one.pdf")

plot(V1,V2,type="l",xlim=c(30,75),frame.plot=F,lwd=2,

xlab="横坐标 ",ylab="纵坐标" ,main="PLOT ONE",sub="2010/3/12", col="pink",font.main=9,col.main=4,font.sub=9,col.sub="red") dev.off()

饼图函数pie( )主要参数解释：

pie(x, labels = names(x), edges = 200, radius = 0.8,

clockwise = FALSE, init.angle = if(clockwise) 90 else 0,

density = NULL, angle = 45, col = NULL, border = NULL,

lty = NULL, main = NULL, ...)

x: 指定作饼图的数据。

labels:设置各个分割区的标签。

edges:设置多边形的边数（圆的轮廓是具有很多边的多边形近似）。radius:设置饼图的半径。特别是在字符标签过长的情况。

clockwise:逻辑参数。设置饼图是否顺时针作出分割区。

init.angle:设置开始画分割区的角度。即对饼图进行旋转。

density:底纹的密度。默认值为NULL。

angle：设置底纹的斜率。

col:设置各个分割区的填充颜色。

main：设置饼图的总标题。

实例演习：

本年度某商品在中国的销售额占其总销售额的12%，在美国为30%，在日本为16%，在欧洲为26%，在台湾为4%，在其他地区为16%。用饼图描述以上数据，作出以下饼图：

参考程序：

pie.sales <- c(0.12, 0.3, 0.26, 0.16, 0.04, 0.12)

names(pie.sales) <- c("China", "USA",

"Japanese", "Europe", "Taiwan", "Others")

pdf(file="plot two.pdf")

pie(pie.sales,

col = c("purple", "violetred1", "green3", "cornsilk", "cyan", "white"),

main="PLot Two", sub="2010/3/12",col.main=4,col.sub="red") dev.off()

直方图函数hist()主要参数解释：

hist(x, breaks = "Sturges",

freq = NULL, probability = !freq,

include.lowest = TRUE, right = TRUE,

density = NULL, angle = 45, col = NULL, border = NULL,

main = paste("Histogram of" , xname),

xlim = range(breaks), ylim = NULL,

xlab = xname, ylab,

axes = TRUE, plot = TRUE, labels = FALSE,

nclass = NULL, ...)

x：作直方图所需的数据。

breaks:用一个向量指定各个单元格的断点；用单个值指定单元格个数；用字符串命名的算法来计算单元格的数量；用函数计算单元格的数量。

density:底纹的密度。默认值为NULL。

angle：设置底纹的斜率。

col:设置各个条形的填充颜色。

border：设置条形的轮廓颜色。

axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴与y轴。比如：axes=F

main：设置直方图的主标题。

xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。

labels:在各个条形上面添加标签。

plot:逻辑参数。设置是否画出直方图或者只输出各项作图参数。

xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。

实例演习：

使用R软件自带数据文件islands，作出以下直方图：

参考程序：

hist(sqrt(islands), breaks = 12, col="lightblue", border="pink") 条图函数barplot()主要参数解释：

barplot(height, width = 1, space = NULL,

names.arg = NULL, legend.text = NULL, beside = FALSE,

horiz = FALSE, density = NULL, angle = 45,

col = NULL, border = par("fg"),

main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL,

xlim = NULL, ylim = NULL, xpd = TRUE, log = "",

axes = TRUE, axisnames = TRUE,

cex.axis = par("cex.axis"), http://www.wendangku.net/doc/cec0a62258fb770bf78a5591.htmls = par("cex.axis"),

inside = TRUE, plot = TRUE, axis.lty = 0, offset = 0,

add = FALSE, args.legend = NULL, ...)

density:底纹的密度。默认值为NULL。

angle：设置底纹的斜率。

xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。

xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。

axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴或y轴。

plot:逻辑参数。设置是否显示条形图。

beside:逻辑参数。如果FALSE，那么将绘画堆叠式的条形；如果是TRUE，将绘画并列式条形。

cex.axis:设置坐标轴数值的膨胀率。比如cex.axis=1.5。

http://www.wendangku.net/doc/cec0a62258fb770bf78a5591.htmls:设置条形标签（bar labels）的膨胀率。比如cex.axis=1.5.

col:设置条形底纹或者填充颜色。

border：设置条形边缘颜色。如果设置为NA，则消除了边缘。width：设置条形的宽度。

axis.lty:设置x轴的类型（类似lty）。默认axis.lty=0. names.arg:设置条形标签（bar labels）。

horiz：逻辑参数。设置图形是水平或是垂直。

space：设置各个条形间的宽度。相当于各个条形宽度的一部分。axisnames：逻辑参数。设置是否显示条形标签。

实例演习：

使用R软件自带数据VADeaths，作出以下图形：

参考程序：

barplot(VADeaths, beside = TRUE,

col = c("lightblue", "mistyrose", "lightcyan",

"lavender", "cornsilk"),

legend = rownames(VADeaths), ylim = c(0, 100)) title(main = "Death Rates in Virginia", font.main = 4)

图例函数legend()主要参数解释：

legend(x, y = NULL, legend, fill = NULL, col = par("col"),

border="black", lty, lwd, pch,

angle = 45, density = NULL, bty = "o", bg = par("bg"),

box.lwd = par("lwd"), box.lty = par("lty"), box.col =

par("fg"),

pt.bg = NA, cex = 1, pt.cex = cex, pt.lwd = lwd,

xjust = 0, yjust = 1, x.intersp = 1, y.intersp = 1,

adj = c(0, 0.5), text.width = NULL, text.col = par("col"), merge = do.lines && has.pch, trace = FALSE,

plot = TRUE, ncol = 1, horiz = FALSE, title = NULL,

inset = 0, xpd, title.col = text.col)

x和y:设置图例在图片上的位置。

title：设置图例标题。（在图例盒子里）。

title.col：设置图例标题的颜色。

text.col: 设置图例中文本文字的颜色。比如说：text.col=’red’。text.width: 设置图例文本文字的宽度。宽度比例与x轴相关。

trace：逻辑参数。如果设置为TRUE，那么显示出函数计算过程。fill: 设置一个填充了指定颜色的盒子放在文本旁边。

border：指定该盒子的边缘颜色。

lty与lwd：设置图例中线条的类型以及粗细。

density与angle:设置图例中小盒子的底纹密度和角度。

bty:设置图例盒子的类型。只能选择o或者n。

bg：设置图例盒子的背景颜色。

box.lty/box.lwd/box.col：设置图例盒子边缘线类型，粗细，颜色。pt.bg：设置图例中点的背景颜色。

pt.cex：设置点的膨胀率。

pt.lwd：设置点的边缘线的粗细。

xjust与yjust:上下调整图例的位置。

x.intersp与y.intersp：设置图例盒子空间大小。

ncol:设置图例显示的列数。

horiz:设置水平方式显示图例。默认为垂直方式显示。

实例演习：

使用R程序可以作出以下图形（自己尝试调整参数改变图形）：

参考程序：

x <- 0:64/64

y <- sin(3*pi*x)

plot(x, y, type="l", col="blue",

main = "points with bg & legend(*, pt.bg)")

points(x, y, pch=21, bg="pink")

legend(.4,1, c("sin(c x)","cos(c,x)","tan(c,x)"), pch=21, pt.bg="green", lty=1, col = "blue",

text.col="red",text.width=0.3,title="Legend",

bty="o", x.intersp=0.2,merge=T)

作图其他相关函数（具体参数使用查看帮助文档）：

abline( ):在原有的图上加直线。

points( ):在原有的图上加点。

lines():在原有的图上加线。

arrows():在原有的图上加带箭头的线。

text():在原来的图上某坐标位置上加文本标签。

title():给原有的图形添加标题。

legend():在原有的图形上加图例。

frame()与plot.new():建立新的图形窗口。

heat.colors( )/ rainbow( )/ gray.colors( ):作图颜色函数。

在同一张图片上作多个图可以用：op=par(mfrow=c(2,2)) par(op)

保存图形可以使用savePlot()/png()/jpeg()/bmp()/tiff()等函数。比如：jpeg(‘file=lesong.jpg’) plot(…) dev.off( )

op=par(bg=’pink’) ; par(op) :设置图片参数。